Например: Компания продаёт клиенту доступ к бухгалтерской программе из реестра российского ПО — это лицензия, НДС платить не нужно. Продукт поставляется через дистрибьютора, который тоже освобождён от НДС, потому что он просто передаёт права на ПО. Но если вместе с программой кто-то настраивает её, дорабатывает или оказывает поддержку — за эти услуги НДС платить придётся.
Например: Компания продаёт ПО, основной функцией которого является автоматизация рекламных кампаний и генерация лидов. Несмотря на наличие в реестре, такое ПО не попадает под льготу — НДС начисляется.
Пример:
Разработчик заключает агентский договор с компанией, которая ищет клиентов и заключает с ними лицензионные договоры от имени и за счёт разработчика. Клиент получает права на использование ПО, включённого в реестр российского ПО.
Например: если по договору сторон указана "лицензия на использование программного продукта", но при этом заказчику фактически были предоставлены услуги по доработке и настройке системы под его нужды, то с точки зрения налогового законодательства это будет рассматриваться как оказание услуг. Соответственно, на такие услуги необходимо начислить НДС по общей ставке 20%, даже если формально в договоре указано иное.